I 1899 utkom en bok som vakte oppmerksomhet. Tittelen var Reform af den medicinske undervisning. Her kom den unge legen Johan Scharffenberg (1869 – 1965) med sterk kritikk av medisinstudiet og særlig av kirurgiprofessor Julius Nicolaysen (1831 – 1909). Boken ble viktig for reformarbeidet ved universitetet, men kostet Scharffenberg en akademisk karriere.
Scharffenberg mente at Nicolaysens gjerning som universitetslærer var en trussel mot kvaliteten på medisinstudentenes utdanning, og krevde at han måtte søke avskjed fra sitt professorembete. Beskyldningene var så krasse at Kirkedepartementet valgte å gå til sak mot Scharffenberg. Det ble holdt 19 rettsmøter fra august 1900 til mai 1901, men i september 1901 bestemte Kirkedepartementet at det likevel ikke skulle reises tiltale. Tidsskriftet holdt leserne orientert, og trykte innstillingene fra både riksadvokaten og statsadvokaten. I tillegg fikk Scharffenbergs advokat Fredrik Voss komme til orde (nr. 19/1901, s. 1129 – 31).
Sagen Scharffenberg–Nicolaysen
Paatalemyndigheden har da nu sagt sit ord. Men istedenfor enten sans phrase at lade sagen falde, hvis doktor Scharffenbergs beskyldninger fandtes sande, eller at sætte ham under tiltale, hvis de fandtes usande, har statsadvokat og rigsadvokat paa en maade selv afsagt dom. De har nemlig delt Scharffenbergs anker mod professor Nicolaysen i to grupper: Ankerne over hans personlige optræden og ankerne over hans undervisning, og forsaavidt den sidste gruppe anker angaar, erklæres Scharffenbergs skildring «ensidig og overdreven», mens han i den første i det væsentlige faar medhold. (…)
Den maade, hvorpaa paatalemyndigheden har afgjort sagen, kunde havt noget for sig, hvis doktor Scharffenberg havde taget noget af sine beskyldninger i sig igjen. Men Scharffenberg har ingenlunde optraadt som nogen angrende synder. Han har fastholdt og i retten udtrykkelig hævdet rigtigheden af, hvad han har skrevet. Jeg kan ikke finde andet, end at han fremdeles kan hævde, at om ikke alle hans paastande er beviste, saa er der dog ikke en eneste sætning i hans brochure, som er modbevist. Og meget væsentlige ting er beviste. (…) Naar rigsadvokat og statsadvokat, som det synes, er overbeviste om, at Scharffenbergs brochure indeholder strafbare ytringer, er det derfor forbausende, at de desuagtet, saavidt jeg forstaar dem, ubetinget helder til den opfatning, at han af en lagmandsret sandsynligvis vilde blive frifunden.