En ny studie viser at det er sammenheng mellom ulike enkeltnukleotidpolymorfismer og ekspresjon av forskjellige gener hos brystkreftpasienter.

Professor Anne-Lise Børresen-Dale har studert sammenhengen mellom DNA-varianter og genekspresjon hos brystkreftpasienter. Foto Rikshospitalet-Radiumhospitalet/Thea Tønnessen

Med mikromatriseteknikk studeres geners ekspresjon ved et bestemt tidspunkt. Metoden er blitt brukt bl.a. for å studere forskjeller i ekspresjon av mRNA mellom friskt og sykt vev. Det er funnet en rekke ekspresjonsprofiler som karakteriserer ulike krefttyper.

I arvematerialet finnes millioner av enkeltnukleotidpolymorfismer. Disse DNA-variantene finnes både i regulatoriske områder (promotorregioner), i eksoner og introner og i ikke-translatert DNA. Enkeltnukleotidpolymorfismer i promotorregioner og gener har trolig innvirkning på ekspresjon, funksjon og struktur av proteinene som et bestemt vev danner.

I en internasjonal studie med norske hovedforfattere har nå sammenhengen mellom enkeltnukleotidpolymorfismer og ekspresjonsprofiler fra brystkreftpasienter blitt studert (1). Resultatene viste at det var sterke assosiasjoner mellom sett av enkeltnukleotidpolymorfismer og ekspresjonsprofiler fra pasienter med brystkreft.

– I studien er sammenhengen mellom genetisk variasjon i mer enn 500 enkeltnukleotidpolymorfismer og ekspresjonsnivået av 3 500 uselekterte mRNA-transkripter fra hele genomet studert hos 50 brystkreftpasienter. Enkeltnukleotidpolymorfismene ble valgt ut fra 203 gener involvert i metabolismen av reaktive oksygenforbindelser. Ved hjelp av nye statistiske metoder kunne vi belyse nye sider av transkripsjonsregulering ved å avsløre signifikante assosiasjoner mellom sett av enkeltnukleotidpolymorfismer og sett av transkripter, sier professor Anne-Lise Børresen-Dale ved Institutt for kreftforskning, Rikshospitalet-Radiumhospitalet.

– For første gang kan vi vise at genekspresjonsmønsteret som oppstår i en tumor, ikke bare er påvirket av somatiske endringer som oppstår i svulsten pga. genetisk ustabilitet, rearrangeringer, mutasjoner og endret metyleringsmønster. Pasientenes egne genetiske varianter, spesielt innen regulatoriske områder på DNA, er med på å bestemme genekspresjonsmønsteret i svulsten og dermed også muligens prognosen, sier Børresen-Dale.

Artikkelen ble publisert 16.5. 2006 i det prestisjetunge tidsskriftet Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. © National Academy of Sciences, USA, 2006

Forskergruppen i Oslo har gjennom et bredt internasjonalt samarbeid kommet frem til en rekke viktige resultater innen brystkreftforskning.

Gruppen til professor Anne-Lise Børresen-Dale ved Institutt for kreftforskning holder til ved Radiumhospitalet og består av ca. 30 personer. Børresen-Dale har mottatt en rekke nasjonale og internasjonale priser for sitt arbeid med genetiske studier av kreftceller, bl.a. den største nordiske prisen innen medisin etter nobelprisen, SalusAnsvar-prisen, i 2002.

Gruppen vil fortsette å jobbe med karakterisering av brystkreftvev med ulike bioteknologiske metoder for om mulig å finne frem til variabler som kan bedre diagnostisering og behandling av denne pasientgruppen. Les mer på radium.no/borresen.

Enkeltnukleotidpolymorfisme (single nucleotide polymorfism, SNP): Finnes gjennom hele det humane genomet og er karakterisert ved at det på en definert plass i DNA-sekvensen finnes én eller flere forskjellige nukleotider i en populasjon. Flere millioner varianter er identifisert og registrert i databaser og representerer den vanligst forekommende variasjonen i humant DNA (1).

Promotor: Transkripsjonen av gener i eukaryote celler katalyseres av enzymer betegnet RNA-polymeraser. Transkripsjonen starter med at RNA-polymerase binder seg til en DNA-sekvens, som kalles en promotor og er lokalisert i nærheten av den regionen som skal transkriberes (2).