Etter en lovendring i merverdiavgiftsloven fra 1.1. 2006 vil tjenester som ytes fra kontorfellesskap til deltakende leger, falle utenfor merverdiavgiftsloven.
Legepraksis organiseres ofte i kontorfellesskap ved at kontorfellene oppretter et felleseid driftsselskap. Driftsselskapet vil typisk være et aksjeselskap, men kan også være et ANS eller DA, eid av kontorfellene. Driftsselskapet vil normalt stå som eier av inventar og utstyr, forestå leie av lokaler og innkjøp av forbruksmateriell samt være arbeidsgiver for det øvrige personell som er ansatt ved legekontoret. Den enkelte lege som deltar i kontorfellesskapet, vil normalt betale sin andel av driftsselskapets kostnader basert på en fastsatt fordelingsnøkkel eller målt etter faktisk bruk av tjenester og varer anskaffet av driftsselskapet, eventuelt en kombinasjon av disse. I alle tilfelle vil kostnadsdekningen fra legen anses som et vederlag for kjøp av varer og tjenester fra driftsselskapet.
Helsetjenester er unntatt fra merverdiavgift etter merverdiavgiftsloven § 5 b, men leger må betale merverdiavgift på anskaffelser til bruk i virksomheten uten fradrag for betalt merverdiavgift. Følgen av dette er at legen – eksempelvis ved leie av utstyr fra driftsselskapet – i utgangspunktet må betale moms med 25 % til driftsselskapet i tillegg til netto leievederlag. Etter en lovendring i merverdiavgiftsloven som trådte i kraft 1. januar 2006, vil tjenester som ytes fra kontorfellesskapet til den enkelte deltakende lege kunne leveres uten beregning av merverdiavgift.
For fremleie av lokaler fra driftsselskapet til den enkelte lege oppstår ingen avgiftsproblematikk, idet utleie av fast eiendom ikke er avgiftspliktig. Tilsvarende skal tjenester som leveres som ledd i utleie av fast eiendom, typisk renholds- og vaktmestertjenester, ikke avgiftsberegnes ved fakturering fra utleier (driftsselskapet). Videre er det gitt et eget avgiftsunntak for utleie av arbeidskraft med autorisasjon etter helsepersonelloven.
Fordi leger mangler fradragsrett for moms på anskaffelser til legevirksomheten ble det i forbindelse med behandlingen av statsbudsjettet for 2006 lovfestet et særskilt unntak fra avgiftsplikt for ytelser fra kontorfellesskapet til den enkelte lege. Av unntaket, som er et nytt femte punkt i merverdiavgiftsloven § 5 b, annet ledd, fremgår at «utleie av utstyr, tilgang til pasientportefølje og lignende» kan omsettes avgiftsfritt «fra virksomhet eiet av næringsdrivende utøvere av helsetjenester (…) til bruk i deres helsetjenestevirksomhet».
Lovgiver har med dette unntaket hatt som mål at all omsetning i driftsselskapet skal være unntatt fra avgiftsplikt. Dermed unngår driftsselskapet den administrative byrden det innebærer å måtte føre avgiftsregnskap. Unntaket forutsetter at utleie skjer fra et selskap eid av leger med praksis i kontorfellesskapet, og at de leverte tjenester er til bruk i legenes avgiftsfrie virksomhet med levering av helsetjenester. Det er viktig å merke seg at utleie av utstyr til leger generelt, for eksempel fra en profesjonell utleievirksomhet, ikke vil komme inn under unntaksregelen. Tilsvarende kan det reises spørsmål om unntaksregelen kan benyttes hvis en av legens medeiere i driftsselskapet over en viss tid kun er passiv eier i driftsselskapet. Slik unntaket er utformet, er det en risiko for at tjenester som ytes til kontorfellene da kan bli gjenstand for avgiftsplikt.
Unntaket fra avgiftsplikt i kontorfellesskapstilfellene forutsetter at driftsselskapet drives på ikke-profittbasis. Tar driftsselskapet et påslag ved levering til kontorfellene i et slikt omfang at det reelt dreier seg om en forretningsmessig utleievirksomhet, vil legen risikere at driftsselskapet blir avgiftspliktig for virksomheten.