I Tidsskriftet nr. 22/2011 presenteres en interessant kasuistikk om en ansiktsinfeksjon med Nocardia brasiliensis (1). På grunn av det uvanlige agenset og fordi man utelukkende anvendte dyrkingsbasert diagnostikk, tok det åtte dager fra sykehusinnleggelse til adekvat antibiotikabehandling ble igangsatt.
Dyrking er best når en prøve innholder levende bakterier som tåler forholdene under transport og vokser godt på standardmedier i laboratoriet. Dersom dette ikke er oppfylt, er dyrking ganske dårlig. Amplifikasjon av det bakterielle 16S rRNA-genet direkte fra pasientprøven etterfulgt av DNA-sekvensering (direkte 16S-sekvensering) representerer et dyrkingsuavhengig supplement for påvisning og identifikasjon av bakterier. Det er særlig nyttig hos pasienter der antibiotika er blitt gitt før mikrobiologisk prøvetaking, ved mistanke om atypiske infeksjoner og ved infeksjoner der anaerobe, kravfulle eller langsomtvoksende mikrober kan spille en rolle. For de fleste bakterier vil sikker identifikasjon alene kunne gi god veiledning med tanke på antibiotikabehandling.
Når skal man be om direkte 16S-sekvensering? Noen vil anbefale å vente til dyrkingen eventuelt er besvart som negativ for å unngå unødige kostnader. Da ser man bort fra tidsaspektet og forsinker tid til idenfikasjon med i alle fall tre døgn. Alternativet er å gjøre 16S-sekvensering i parallell med dyrking i situasjoner der man vet at dyrking er upålitelig. Da må det utarbeides retningslinjer for hvilke situasjoner dette gjelder og hvilke typer prøvemateriale som er egnet. I de tilfellene der 16S-sekvenseringen er positiv bør man kunne ha svar innen 48 timer (selve analysetiden er omkring åtte timer).
Kostnaden for reagenser og sekvensering ligger rundt 200 kroner. Innkluderer man husleie, legetid, avskrivninger etc., havner man en plass mellom 1000 og 1500 kroner for en positiv prøve (en negativ prøve koster det halve). Dette er omtrent 1,5 ganger tilsvarende kostnad for en røntgen thorax. Dyrere enn dyrkning – absolutt, men dyrt?
I det aktuelle tilfellet hadde man et velegnet prøvemateriale (puss inneholder mye bakterielt DNA selv om det kan være få levenede bakterier) fra en pasient med en dyp infeksjon i ansiktet som var blitt behandlet med antibiotika i flere dager. Man vurderte en atypisk infeksjon på bakgrunn av terapisvikt. Dette burde vært en klar kandidat for umiddelbar direkte 16S-sekvensering. Da kunne adekvat terapi vært igangsatt etter to døgn i stedet for etter åtte, og liggetiden blitt redusert tilsvarende. Diagnostikken er veletablert ved Haukeland universitetssykehus, Oslo universitetssykehus, Rikshospitalet og St. Olavs hospital.
