Gendefekter som ødelegger proteinkodende gener finnes også i friske individer.
Illustrasjonsfoto Sciencephoto/Scanpix
Gendefekter som fører til tap av protein eller av proteinets funksjon (loss of function, LoF) har vært ansett som sjeldne. Denne type mutasjoner er vist å kunne gi vanlige nedarvede sykdommer som Duchennes muskeldystrofi og cystisk fibrose. Nå har en internasjonal forskergruppe undersøkt omfanget av slike genvarianter i genomet til friske personer (1).
Forskerne undersøkte helgenomisk sekvensdata fra 186 individer. Ved bruk av strenge filtreringsprosedyrer ble til sammen 1 285 LoF-varianter identifisert. Gjennomsnittlig ble hver person estimert til å ha rundt 100 LoF-alleler, hvorav omtrent 20 i to kopier i hvert individ og det respektive genet inaktivt. Det ble identifisert sjeldne og sannsynligvis skadelige LoF-alleler, inkludert 26 kjente varianter og 21 varianter som sannsynligvis er forbundet med alvorlig sykdom, og vanlige LoF-varianter i ikke-essensielle gener.
– Disse forskerne har en omfattende database av genvarianter som forventes å ødelegge proteinkodende gener. Denne studien viser at majoriteten av disse finnes i lav frekvens i populasjonen, sier professor Eirik Frengen ved Avdeling for medisinsk genetikk, Universitetet i Oslo. – Et lite antall av mer hyppig forekommende LoF-varianter ble funnet i gener fra genfamilier som bl.a. koder for proteiner som kan forventes å kompensere for tap av proteinfunksjon som resultat av en LoF-variasjon.
Forskerne har også utarbeidet en algoritme for å kunne skille ut klinisk relevant variasjon. Denne typen algoritmer vil være svært nyttig når man jakter på sykdomsgivende mutasjoner, for eksempel hos pasienter med recessivt nedarvede sykdommer, sier Frengen.
